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2号站代理非洲为COVID-19追踪提供了SARS-CoV-2测序

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在尼日利亚确认第一例covid19病例3天后,于3月1日公布了SARS-CoV-2标本的基因组测序结果。一名意大利顾问于2月27日从拉各斯进入尼日利亚,随后前往邻近的奥贡州。这是非洲首次对SARS-CoV-2病毒进行分析,标志着非洲大陆对越来越多的了解中国以外病毒行为的全球证据做出了贡献。
 
“在传染病基因组学领域,我们已经从旁观者变成了贡献者和参与者,”尼日利亚Ede的ACEGID主任Christian Happi告诉《科学家》杂志。他领导了这项测序工作。
 
位于阿布贾的尼日利亚疾病控制中心主任Chikwe Ihekweazu说,尼日利亚在卫生紧急情况期间展示的快速测序表明,非洲国家有能力实时监测传染病疫情的进展,以了解传播模式。
 
Ihekweazu说,非洲对自己的19例脊髓灰质炎病例进行排序的能力表明,该地区的国家已经在诊断能力上进行了投资。他告诉《科学家》杂志:“无论该工具是用于疾病暴发还是日常监测,我们现在都有能力在国内进行测序,而这传统上是通过与国外实验室合作完成的。”
 
非洲疾病控制中心(CDC)鼓励国家有能力自己的样本序列,而那些不应该把样品送到ACEGID等机构,Sofonias Kifle Tessema,基因组测序项目的主管非洲疾病预防控制中心,讲述了科学家。
 
非洲疾病控制和预防中心说,截至3月30日,46个非洲国家共报告了4871例19例脊髓灰质炎病例,共有152人死亡,340人康复。迄今为止,ACEGID拥有足够的专业知识和设备来对来自非洲的所有确诊病例进行排序,但是还需要更多的试剂和更多的工作人员来支持更大规模的疫情爆发,Happi说。每个测序大约花费600美元。
 
该中心于2014年1月从世界银行获得了800万美元的投资,2号站获得了第一批设备和人员,这是为西非8个国家19所专门从事STEM项目的高等教育机构提供的1.65亿美元一揽子计划的一部分。
 
哈比说,促使这项投资的是使非洲能够为基因组学革命作出贡献的需要,以及减少世界其他地区与非洲之间的知识和经济差距的需要。他说:“我想利用基因组学技术解决非洲的健康问题,尤其是传染病,并促进疫情应对。”
 
早在2014年冠状病毒爆发之前,ACEGID测序就在尼日利亚首次对埃博拉病毒进行了准确诊断。
 
南非夸祖鲁-纳塔尔省非洲研究所(SANTHE)撒哈拉以南非洲结核/艾滋病毒卓越研究网络项目执行经理Denis Chopera说,在当地进行基因组测序的能力将有助于全球抗击covid19。“病毒可以很容易地改变形态以适应环境,并逃避免疫系统和药物的识别,因此了解这种病毒的所有这些方面是至关重要的,”Chopera说。“记住,这是一种新病毒,我们对它知之甚少,”他补充道。SANTHE拥有测序方面的专业知识和资源,但并没有积极研究冠状病毒样本,因为所有的实验室检测都是由南非国家传染病研究所进行的。
 
世界卫生组织通过向各国提供数千套COVID-19检测包、培训数十名卫生工作者和加强社区监测,支持非洲各国政府及早发现COVID-19,从而使46个国家能够对COVID-19进行检测。到目前为止,非洲的病例数量与其他大陆相比是微不足道的。
 
在非洲发现的最初病例来自来自广泛暴发国家的旅行者。Ihekweazu在谈到第一例病例时说:“尼日利亚病毒与最近在欧洲流行的病毒相似,这与19例患者的旅行史一致。”
 
“我不认为这个序列可以告诉我们为什么在这个时候非洲的病例很少,因为非洲的气候很可能是原因。然而,2号站代理我们将知道这种病毒是否正在改变以适应气候,这是一种可能性,这可能导致非洲大陆出现更多病例,”Chopera告诉《科学家》杂志。

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